Le Musée de la Mer se doit d’être une « courroie de transmission » auprès de la communauté madelinienne et des visiteurs ayant soif de découverte :

D’une part, pour faire connaître les richesses patrimoniales, le savoir-faire ancestral, le peuplement insulaire et l’évolution socio-culturelle de l’archipel madelinot. D’autre part, pour renforcer le sentiment d’appartenance à une culture des plus singulières, en complément de l’héritage familial reçu.

La mission du Musée de la Mer est intimement liée à ce peuple maritime et insulaire. Il a pour vocation de le partager et de faire découvrir, aux visiteurs de tout âge, qu’« aux Îles, c’est pas pareil » !