La Fondation du Musée de la Mer a vu le jour en 1995, dans le but de soutenir le Musée en appuyant ses projets, surtout en ce qui a trait aux immobilisations afin de le doter d’espaces d’exposition, d’accueil et d’entreposage, répondant aux normes nationales de conservation.

Tous les membres de la corporation du Musée de la Mer sont d’office membres de la Fondation. Elle compte 5 membres à son conseil d’administration, nommés à l’assemblée générale annuelle de l'organisme. Des activités de financement sont organisées ponctuellement, afin d’amasser des fonds pour soutenir les projets du Musée de la Mer : souper annuel de la Fondation, rallyes historiques, etc.

En 2014, le libellé de la Fondation a été modifiée, tel que « la Fondation du Musée de la Mer a pour mission de soutenir le développement des projets du Musée, dont l’acquisition d’objets ou d’équipement muséologique. La Fondation du Musée de la Mer a également pour objectif d'apporter au Musée un soutien financier pour l'aider à poursuivre ses engagements de conservation du patrimoine et, d'autre part, répondre à sa mission éducative et sociale.

La Fondation du Musée de la Mer organise des activités bénéfices, émet des reçus pour fins d’impôt, et s’assure que les dons des particuliers et des entreprises soient investis aux seules fins de ses objectifs.

La Fondation du Musée de la Mer s’assure d’être un levier important qui permet de bonifier l’aide financière accordée par le ministère de la Culture, des Communications et de la Condition féminine ».

Projet de la Fondation en 2014: Remontage du squelette de cachalot en collaboration avec l’Aquarium des Îles.